Pada area lantai pertama Mani House, dimana lantai ini merupakan tempat untuk meletakkan atau parkir kendaraan-kendaraan umat yang datang di Mani House. Selain itu, pada lantai pertama, Anda juga akan disambut dengan sebuah altar kecil sebelum Anda menggunakan lift maupun tangga untuk naik ke lantai dua.

Ketika Anda tiba di lantai kedua, Anda akan melihat sebuah ruangan yang sangat besar dan beragam. Lantai kedua ini merupakan lantai komunitas Mani House – dimana pada lantai kedua ini terdapat balkon, rupang dari 21 Tara, ruang sekretariat, perpustakaan, dan juga terdapat sebuah bursa yang menjual alat-alat maupun keperluan Dharma bagi umat Medan yang disebut sebagai Dharma Nordzo.

Lantai ketiga adalah tempat utama terjadinya pemutaran roda Dharma. Di lantai tiga ini, terdapat altar utama Mani House yang terdiri dari lima rupang yang berbeda, yang telah diisi dengan relik dan mantra suci oleh Y.M Lama Phurbu Tashi Rinpoche, yakni : Buddha Shakyamuni, Chenrezig, Guru Padmasambhava, Tara dan Dzambhala. 

Di ruangan inilah, segala pembelajaran Dharma akan dilakukan. Tidak hanya studi, namun juga praktik dan meditasi.

Pada lantai ini, terdapat toilet yang berada diluar ruangan kebaktian, dan ruang kebaktian dilengkapi dengan sound system yang sangat baik untuk mendukung pembacaan doa dan pembelajaran di Mani House.

Ruangan ini memiliki daya tampung yang baik, yakni 174 orang.

Sebuah ruang multifungsi yang dilengkapi dengan altar yang sangat indah, terletak di lantai keempat gedung Mani House. Di ruangan ini, akan terjadi pemutaran roda Dharma untuk anak-anak berusia dini dalam sebuah program sekolah minggu yang disebut sebagai Mani Kids on The Move. 

Kelompok muda mudi Mani House yang bernama CIA (Compassion in Action) Team, juga akan menikmati area di lantai empat ini.

Dengan kemampuan menampung 170 orang, ruangan ini dapat dijadikan ruangan workshop, seminar, pelatihan, dan kegiatan-kegiatan keagaaman maupun sosial lainnya.

Tiba lantai kelima, dimana lantai ini merupakan lantai yang disebut sebagai Monk’s Quarter. Tempat ini difungsikan sebagai tempat tinggal bagi Rinpoche atau para anggota Sangha lainnya yang datang ke Mani House.

Selain itu, di lantai kelima ini juga terdapat kamar tidur bagi tamu yang datang di Mani House ataupun mereka yang melakukan retreat di Mani House dapat menginap disini.

Di lantai ini juga terdapat dapur dan juga terdapat ruang tamu yang dapat difungsikan bagi umat yang ingin bertemu dengan Anggota Sangha, melakukan diskusi Dharma, maupun bertegur-sapa dengan Sangha yang tinggal di Mani House.

Sebuah stupa suci yang berisikan relik Yang Mulia Kyabje Bokar Rinpoche, akan diletakan di lantai keenam gedung Mani House. Stupa ini dapat dijadikan tempat ziarah, menerima berkah dan meditasi bagi umat yang mengunjunginya.

Mani Wheel atau Roda Doa Mantra Om Mani Padme Hung, akan mengelilingi stupa. Roda ini dapat diputar ketika umat melakukan Pradaksina. 

Lantai keenam ini, dilengkapi dengan sebuah taman kecil untuk bersantai dan menikmati keindahan kota Medan dari ketinggian tertentu.